petter,
as pastas escondidas não têm nada a ver com a sua pergunta, os programas em Linux não ficam em pastas escondidas, normalmente as pastas escondidas são utilizados para arquivos de configuração ou dados dos programas.
Em Linux os programas não têm os seus arquivos todos instalados numa unica pasta como acontece em Windows, em vez disso os arquivos dos programas são distribuidos conforme os tipos dos arquivos, por exemplo os binários (equivalente aos .exe) ficam em /usr/bin, os equivalentes às .dll em /lib, as configurações em /etc e por aí adiante.
Por isso em Ubuntu a forma mais correcta e mais fácil de instalar/remover programas é mesmo com o synaptic ou apt, uma vez que este tem uma lista dos arquivos instalados pelo programa em todo os sistema...