Sim, como .firefox e outros softwares que gravam suas configurações do diretório home. Quanto aos programas, eles tem "pedaços" em vários diratórios, então provavelmente colocar um diretório só em outra partição não é o suficiente. Mas se você conseguiu separar o /home, o que pode ser tão difícil de instalar que você não resolva em pouco tempo?