existe duas formas, criar uma partição home, a melhor forma, e criar um cd de recoperação.
para o cd de recoperação, para windows existe o ghost para linux existe o sbackup.
mas tal como disse de inicio o melhor mesmo é criar duas partições, pelo menos, uma para o sistema operativo e outra para a home. na home terá todas as configurações de cada programa, para alem dos teus dados, etc etc. assim, sempre que formatar o disco, formata-se apenas a partição do SO, instala-se a distribuição que se quer, instala-se os programas que se quer, e estes vão buscar todas as configurações á home.