Ao que eu saiba o Automatix não passa de uma coleção de scripts para a instalação de programas reunidos numa interface "arrumadinha".
Ele vai alterar sua sources.list para buscar os programas que ele instala de repositórios testados pelos autores dos scripts. Quanto à instalação de qualquer programa, será ordinariamente via apt ou dpkg, ou seja, "a la Debian".
Então, se algo "detonou" seu Ubuntu, provavelmente não foi o Automatix.