Eu faço isto usando o ln -s fazendo um link simbólico com os diretórios que contém as contas de e-mail no Windows usados pelo profiles do Thunderbird ( FAT32 ) nos diretórios usados no Thunderbird, mas estou com muita vontade de migrar para NTFS usando NTFS-2G para escrever numa partição NTFS ( vou fazer isto quando estiver bem seguro da estabilidade da solução ).
Esta solução de usar o mesmo profiles, eu nunca fiz, e nem sei como fazer, mas gostaria de aprender como. Imagino que seja mais simples do que fazer um link simbólico ( e fazer um link simbólico não deixa de ser uma gambiarra ), mas esta minha forma de fazer tem pelo menos uma vantagem, eu não preciso me preocupar com versão ( apesar de usar a mesma ), e nem com plugins, e mesmo assim tudo funciona perfeito sem problemas. Faço a mesma coisa com o Firefox e compartilho o mesmo bookmark ( e mais algumas coisas ) entre o Windows e Linux, e no caso do Firefox funciona sem problemas até com versões diferentes.