O "normal" evidentemente é fazer essa espécie de cópia usando a interface gráfica, por exemplo abrindo duas janelas e transferindo os arquivos de uma a outra, exatamente igual ao que se faz lá no sistema operacional comercial.
Entretanto, querendo ou precisando fazer por CLI (=linha de comando) também é igualmente possível e é praticamente semelhante ao que é no antigo DOS.
Lá no DOS se usa o copy (ou xcopy), aqui no Linux se usa o cp.
O detalhe a se observar no caso do Ubuntu é que quando um disco externo é montado, isto é, que não seja o disco do sistema, ele é montado dentro da pasta /media.
Digamos que um pendrive com label (=rótulo) é colocado na máquina, então ele será montado em /media/username/label, no caso vamos supor que o label seja UUI (ou qualquer outra coisa, tanto faz), uma cópia de arquivo a partir da /home usando path (=caminho) completa poderia ser algo assim:
cp /home/username/nome_arquivo /media/username/UUI/nome_arquivo
Também é usual que ao invés do label o sistema use o UUID, que é o identificador único do dispositivo, mas a essência do procedimento é o mesmo.
cp /home;userne/nome_arquivo /media/username/7945-FE97/nome_arquivo