Eu uso Windows 10 com Ubuntu 16.10 LST.
Encontrei muitos tópicos relatando e ajudando quanto aos problemas relacionados ao dual boot entre os dois, mais especificamente para Bios UEFI (que é o meu caso).
No meu caso foi assim:
Tendo o Windows 10 instalado primeiro, iniciei a instalação do Ubuntu via pendrive gravado com a imagem ISO do Ubuntu (gravado via Universal USB Installer -
https://universal-usb-installer.br.uptodown.com/windows)
Reiniciei a máquina com o pendrive plugado e apertei F2 para acessar a Bios.
Lá eu desativei o modo Legacy e deixei selecionado a opção UEFI, e então coloquei a prioridade de boot para a USB.
Dai é carregar o Ubuntu e mandar instalar no disco. O problema com o dual boot geralmente ocorre na seleção da partição onde será instalada o gerenciador de boot do Ubuntu. Vi algumas soluções diferentes para o problema mas não passei por ele... minha configuração de partição foi a seguinte
/ : com 40GB formatado Ext4 como partição primária
/home : com 300GB formatado Ext4 como partição primária
e uma partição swap e um bootbios só para satisfazer o instalador que reclama se não estiver configurada.
No entando não selecionei a bootbios, ou partições /boot, nem criei mais uma partição EFI porque o Windows já criou ela, nem usei a raiz do disco SDA como local de instalação do boot manager do Ubuntu (essa seleção é feita numa combobox na tela de particionamento e por default está geralmetne em SDA. Eu usei a própria partição do WIndows Boot Manager, que já é uma partição EFI e com no meu note o Windows configurou com 200MB.
Tendo feito isso, após a instalação, o GRUB gerenciou numa boa o carregamento do Windows sem problemas.