Olá
A resposta correta é ambígua: sim e não
O DOS é um sistema monotarefa e monousuario.
LINUX é multitarefa e multiusuario.
Windows simula multitarefa e é monousuario (no sentido de que para um usuário usar algo é necessário deslogar outro usuário). O sistema simula multitarefa desativando processos em segundo plano e os enviando para swap, o mesmo com os processos de usuários logados "adormecidos". Se desligar a máquina, o swap é "zerado" e o sistema pode se corromper. (no windows 10 já melhorou com o ntfs2)
Então :
Sim, se você tiver várias tarefas sendo executadas ou vários usuários com leitura/gravação no disco.
O sistema poderá se corromper no momento do desligamento, caso algum processo estiver sendo escrito para os discos.
Mas, graças ao sistema de journaling presente na maioria dos formatos de disco nativos do Linux/Unix, isto é tremendamente diminuído.
Não, se estiver com apenas um usuário e não fizer escrita nos discos (bem ao caso de máquinas cnc, que só lêm dados do disco)
No caso da máquina industrial em questão, um linux "minimal" com dosemu seria bem interessante.
Agora uma pergunta: por que o DOS não roda na máquina nova? Processador muito veloz para o sistema operacional?