Mas não está conseguindo sequer tornar-se root pelo "Recovery Mode"?
Não... nem isso... eu até entrei no grub e fiz isso:
linux /boot/vmlinuz-3.16.0-38-generic root=UUID=b1bde976-50e2-4c32-a760-17b091b4202f ro quiet splash recovery
adicionei o "recovery" e depois ctrl-x no entanto o sistema só fica no splash screen... nada além disso... ele trava... nem o ctrl+alt+f1 funciona.
De uma forma direta: o que há a fazer nessas circunstâncias é reinstalar o sistema.
Nada que se faça irá recuperar totalmente o complexo sistema posix de permissões, pode ser até que chegue perto, mas ficar igual ao que era é praticamente inalcançavel.
Mesmo que consiga voltar a entrar no sistema, terá pela frente uma enorme dificuldade para restabelecer o que havia antes de forma exatamente igual, o que significa que de uma forma ou de outra acabará reinstalando. Erros 'chmod R', sobremodo recursivos, são mesmo devastadores.
Como certamente você mais que sabe, os seus arquivos pessoais são facilmente recuperáveis subindo o sistema por um live-iso e os copiando para algum outro lugar, já as configurações implementadas do ambiente do seu projeto terá que refazer na reinstalação, é mais simples isso do que ficar 'batendo cabeça' e não conseguir chegar em algo bem feito.
Se ainda quiser dar mais um "tiro", suba o sistema pelo live-iso (pendrive ou cdrom), monte a unidade (que, claro, vai ficar dentro do /media) e dentro da /media/ubuntu/id_do_seu_disco/home/user_original experimenta alterar:
mv .cache .cache-original
mv .ICEauthority .ICEauthority-originalmv .Xauthority Xauthority-original
mv .profile .profile-original
mv .Xauthority Xauthority-original
Isso talvel apenas possibilite acessar novamente, mas não irá resolver a essência do problema, que é a alteração indevida feita nas permissões da /home, que vai continuar defeituosa.
Isso posto, inicie o sistema novamente e se não subir para o modo gráfico, pode apagar os parâmetros quiet e splash da cmdline e acrescentar o recovery, como já fez, para ver se alcança um prompt suficiente para trabalhar.
Se nada disso funcionar, então vai ter que usar o chroot
Mas insisto, nada vai fazer retornar ao estado de permissões que havia anteriormente, será uma enorme trabalheira para chegar a lugar nenhum.