Se ao plugar na porta usb o hd externo não for montado automaticamente, é possível que ele contenha erros de fragmentação.
Leve à uma máquina com Windows e passe um scandisk completo por duas vezes (chkdsk /R)
Com isto feito ele deve funcionar perfeitamente no seu Linux.
Uma dica: ao desmontar (ejetar) hd externo ou pendrive, seja no Linux ou no Windows, espere sempre mais de 30 segundos para desplugar da porta USB.
Apesar dos sistemas informarem que "você pode remover com segurança, bla, bla, bla", o cache interno de memória não foi esvaziado, e é preciso este tempo para isto acontecer, caso contrário os dados podem se fragmentar.
O windows usa os formatos ntfs e fat, muito sujeitos a isto.
