Teria o livecd feito alguma alteraçao em algum arquivo/cfg que agora o windows nao entende?
Vamos adiante.
Estou entendendo, salvo engano, que o que você está dizendo é que a instalação do Windows, feita a partir do disco próprio de instalação dele, não vai adiante, certo?
Se for realmente isso, note que o Windows simplesmente não toma conhecimento (e não tem como tomar) de qualquer alteração que você tenha feito em instalação (=partição) Linux, portanto, não deve ser esse o problema. Se a instalação do Windows não vai adiante você deve procurar as causas no próprio Windows, não no Linux.
De toda forma, se o caso, explique melhor a situação que você tem aí, pois está um pouco confusa.