Enquanto isso... os processos do mysql rodam com usuário próprio, certo? Nesse caso, certifique-se de que os diretórios novos (/var/lib/mysql2, /var/run/mysql2, /var/log/mysql2, etc) pertençam ao usuário e/ou ao grupo corretos, e não ao root.
Certifique-se também de ter reconfigurado e reiniciado o serviço AppArmor para liberar acesso de escrita aos novos diretórios.