O dnsmasq faz isso. Em "/etc/dnsmasq.d" vc pode criar arquivos com as várias configurações, p.ex:
server=/algo.com/8.8.8.8
server=/facebook.com/4.2.2.2
Os arquivos são lidos em ordem alfabética, não lembro agora se a ordem tem alguma implicação, mas o manual ("man dnsmasq") deve explicar.