Sejam todos bem-vindos e fiquem atentos às regras de utilização do fórum e política de privacidade.
Depende do que você acha melhor, eu prefiro o docky que é mais simples e leve, na minha opinião mais bonito também. O cairo-dock pelo o que me lembro já inicia com o sistema por padrão, alguém confirma?
Clique com o 2° botão do mouse sobre o fundo do Cairo-dock já aberto e em seguida selecione a opção do submenu "Habilitar na inicialização", algo assim. Acho que fiz isto da última vez e parece que esta opção desaparece depois de habilitarmos a função...