Olá... Creio que este aplicativo qtiPlot trate sempre o caractere '.' (Ponto) internamente em seu código, como parte de um valor decimal (E parece considerar também a Vírgula sempre como milhar, talvez acidentalmente na hora de converter).
Certifique se nas preferências do aplicativo (Em alguma opção de menu) existe a possibilidade se configurar o símbolo decimal padrão a ser usado (Ponto ou Vírgula). Se não for possível, o aplicativo sempre esperará que um valor decimal contenha o Ponto. Daí, não tem como resolver (No caso de valor decimal: Apenas editando o arquivo de origem e trocando sempre Vírgula por Ponto) apenas tendo uma versão mais nova do aplicativo que permita esta configuração por parte do usuário.
Agora tem um grande detalhe no caso de milhar: Se atualmente no arquivo de origem você tiver um valor 3.000 (Por exemplo, que efetivamente corresponda ao valor 3 mil) antes de você realizar o procedimento de trocar todas as Vírgulas por Pontos, você precisa impreterivelmente remover primeiro todos os valores com Pontos (De 1.000 para 1000, de 3.302 para 3302, etc) dentro do arquivo e só depois trocar Vírgulas por Pontos.
Mas claro, nenhuma outra informação técnica usada pelo qtiPlot (Que geralmente fica no cabeçalho/início do arquivo) que contenha o Ponto ou Vírgula deverá ser modificada, só ter cuidado. Os editores de texto permitem você trocar caracteres A por B numa tacada só, creio que não dará muito trabalho. Resumindo:
1) Se comprovado que o Ponto dentro de cada valor de origem é referente à milhar: Remova todos os pontos dos valores;
2) Troque todas as Vírgulas por Pontos, para fazer o aplicativo tratar corretamente valores decimais;