Não entendi 100%
mas vamos lá:
Um arquivo pré-compilado é um arquivo que já ta pronto para vc instalar. Os .deb do ubuntu são pré-compilados. São chamados assim pq vc pode recompilar eles sem problema, gerando um novo .deb personalizado (se vc mudar alguma opção no ./configure).
Não compilados são arquivos fonte compactados que vc baixa e compila na unha via ./configure --<opcoes_se_tiver> && make && make install ou então depois que vc manjar bem, pode criar um pacote .deb seguindo o maint guide do debian.
