Se vai usar como proxy, seria bom que o diretório de cache estivesse em partição separada (aliás, pra desempenho máximo, seria bom que estivesse em disco separado, talvez até em matriz RAID 0 --- mas isso só se justifica pra redes muito grandes, acima de 200 usuários).
Backup também deveria estar em partição separada, e preferencialmente em disco separado; assim seus dados sobreviveriam a um crash do disco principal.
Se vc tem a preocupação de que pode vir a ter que implementar cotas de espaço em disco mais tarde, então deve deixar os dados separados em partição desde já, pois criar uma nova partição é um processo muito delicado (também demorado e trabalhoso).
Se me permite a sugestão, eu sempre uso esta organização pros meus sistemas:
1. Partição primária Swap - mesmo tamanho da memória RAM.
2. Partição lógica Raiz - 10 a 20GB.
3. Partição lógica /var - 10 a 20GB.
4. Partição lógica /opt - 10 a 100GB, conforme a disponibilidade de espaço.
5. Partição lógica /home - espaço restante do disco.
Claro que de acordo com o uso do servidor, eu posso remover algumas partições, ou criar outras; a partição /opt eu só instalo em sistemas que vão hospedar programas específicos, como Oracle, NMIS, CACTI, etc. A partição /home eu só instalo em sistemas que vão ter acesso de usuários, o que não acontece em todos os sistemas acima. A partição mais constante é a /var, que eu só não instalo em desktops.
Lá no serviço nós usamos o Linux Suse (Suse Linux Enterprise Server), e temos o costume de criar uma partição de boot (/boot) bem pequena, no máximo 500MB (menos de 1GB), porém como primeira partição primária do disco. Por conta da organização do sistema, também criamos às vezes uma partição /srv (que equivaleria ao diretório /var/www no Ubuntu).
O importante é ter em mente que embora você deva ter um padrão para as partições, isso não é escrito em bronze, então você deve sempre prever suas necessidades pra esse sistema e adaptar sua organização base adicionando ou removendo partições para dar eficiência máxima ao seu sistema. E, principalmente, deve documentar o que fez, pois você não sabe se é você que vai dar manutenção nesse sistema mais tarde.