Não... o diretório "/var/www/site" pertence ao usuário "daniel" e ao grupo "daniel". É um diretório (d); o dono dele tem acesso total (rwx); o grupo não tem nenhum acesso (---); e outros usuários não têm nenhum acesso (---). O diretório tem 16 arquivos dentro, contando inclusive os links "." e "..", que existem em todos os diretórios; ocupa 4096 bytes em disco; e foi modificado [criar arquivo, apagar arquivo, renomear arquivo] pela última vez às 14h42min do dia 10 de setembro último.
O Apache é executado pelo usuário "www-data" e pelo grupo "www-data". Assim, ele não vai poder ler o diretório nem acessar arquivos lá dentro. Pra resolver, você pode mudar o grupo do diretório para "www-data", e em seguida dar acesso de leitura/execução para o grupo. Assim:
sudo chgrp www-data -R /var/www/site
chmod g+rxs -R /var/www/site
Veja que pra mudar o dono do grupo, só o super-usuário pode fazer isso; já pra mudar as permissões de acesso, você mesmo pode fazer, já que você é o dono dele. Os "-R" fazem com que as operações sejam executadas também nos arquivos dentro das pastas. O comando também está ativando o bit de "GUID" do diretório, que faz com que novos arquivos criados lá dentro pertençam automaticamente ao mesmo grupo. Isso vai facilitar pra você controlar as atualizações nessa pasta.