Olá tarcisiomoura,
Após a sua observação alternei para o Modo Clássico (Configurações do Sistema/Tela de Login/Desbloquear/Ubuntu Classico), reiniciando a sessão e aqui também desapareceu o ícone tradicional do Skype, como mostrei na imagem anterior, substituído pelo infame ponto no painel.
Estando no modo clássico também aqui não funcionou a observação anterior que fiz, isto é, alterar o estilo dentro do próprio Skype, entretanto, consegui novamente ativar o ícone do Skype no painel no modo clássico, como mostra o link adiante.
Como esse reaparecimento do ícone correto aconteceu depois de muito mexer nisso e naquilo, acabei não conseguindo fixar a exata sequência que fez funcionar. :-(
De toda forma, o que fez dar certo é alguma coisa relacionada com a configuração Aparência/Personalizar/Icones.
Tente alguma coisa por esse caminho, alternando para outro padrão, fechando e retornando ao que v. preferir, foi algo nessa linha que ativou a nova renderização e fez funcionar.
[]'s
http://imageshack.us/photo/my-images/713/screenshotdesktopclassi.jpg/Aqui não funcionou, estou usando a interface clássica, não gostei ainda da Unity, pretendo usá-la no futuro quando for possível customizá-la...