qd fiz o curso de instrutores do ubuntu, essa foi uma das minhas dúvidas, e principal/ c/ relação a se desisntalar programas instalados por um ou outro meio.
o instrutor disse que ñ havia problemas, podendo um programa ser instalado pelo apt-get e desinstalado pelo aptitude
aqui acabei me acostumando ao apt-get
p/ forçar instalações de dependências dele pode usar o sudo apt-get -y install
mas real/ o aptitude tem um modo gráfico melhor de gerenciamento.
mas cada vez mais a central de programas ubuntu, melhora, sendo adota até pelo Debian; fora o excelente Synaptic