Como proteger meu computador da rede?
Desculpe, proteger do quê? De vírus? O fato de vc usar ubuntu já é sua proteção quanto a isso.
Já se a idéia for proteger contra invasão, o risco existe, e vc tem que ficar esperto, mantendo o sistema atualizado, não habilitando serviços desnecessários, mantendo um firewall ativo (e.g. ufw), usando senhas fortes, etc.
o Ubuntu esta seguro, sem proteção adicional?
Você não está pensando num antivírus, está? Isso não te pertence mais. Desencana.
Ainda que não seja posivel acessar minhas pastas pessoais, ele (o servidor que esta na Lan House) pode controlar meu trafego na Internet? Tipo os Sites, as minhas conversas no a MSN, no Skipe?
Sim, podem. Pra não ser possível acessar, vc teria que estar usando uma VPN; mas a VPN é um túnel, assim tem uma entrada (sua máquina), e uma saída --- e onde seria essa saída?
Pra minimizar o estrago, vc pode procurar usar HTTPS sempre que possível.
Note que esse risco de acessarem suas conversações existe em qualquer rede, o administrador da rede sempre pode fazer isso. A diferença, se faz ou não faz, está na ética dele. No fim, vc precisa saber se pode confiar no cara... ou se não pode.