Por enquanto resolveu. Vou ficar atento se só ocorre com o gerenciador ligado.
Ocorre não só com o gerenciador, ocorre ao executar qualquer processo que precise utilizar o diretório /var/lib/dpkg/ quando o mesmo está em uso por outro processo executado anteriormente.
Pode ser o apt-get, o gerenciador, o synaptic, o automatix, etc...
Mas apenas um processo por vez pode. Se outro processo tentar, o sistema vai informar que ele está em uso.
Isso não é um erro, nem um bug. É simplesmente assim que o sistema de forma racional funciona, uma instalação por vez.
A mensagem de erro é só um aviso de quando estamos fazendo caca, que é quando insistindo em fazer algo que o sistema não faz.
Agora o apt-get travar e ficar em execução em segundo plano é roça. Primeira vez que ouço isso. Acho que você foi sorteado.