Meu amigo vou contar uma experiência que tive a aí tire suas conclusões.
1 - Estava com o Ubuntu 9.04 (64 bits) em meu AMD (64 bits) e algumas aplicações do Banco do Brasil naõ fucionavam.
Daí liguei para o Banco e fui informado que não é dado suporte à arquitetura 64 bits, com isso tive que trocar meu Ubuntu para 32 bits.
2 - Depois de muita pesquisa no fórum, interpretei que o Java que roda bem nas aplicações do BB é o da SUN versão 6 (SUN-Java6...);
Para instalar os pacotes corretor do Java use o comando: sudo apt-get -y install sun-java6-bin sun-java6-fonts sun-java6-jre sun-java6-plugin
Após a instalação faça a verificação da (s) versão (ões) do Java que está em sua máquina com o comando: sudo update-alternatives --config java e opte pela número que representa a opção da SUN.
Outra dica que li é sobre, am alguns casos, a necessidade da desinstalação do pacote icedtea-gcjwebplugin, isso você pode fazer com o comando: sudo apt-get remove icedtea-gcjwebplugin
Espero ter ajudado. Vê como fica e posta aí...