Rafael, tudo bem?
O Linux, como um derivado do Unix, é um sistema que preza pela segurança.
Por padrão, no caso do Ubuntu, voce se loga na maquina utilizando seu usuário para tarefas cotidianas. Agora, se voce precisar "ir mais fundo", ou seja, realizar alguma tarefa administrativa (adicionar um usuario, instalar um programa, modificar algum arquivo que interfere no funcionamento do sistema), obviamente ele vai pedir a senha do root, que é o superusuário do sistema, o que tem permissão para tudo.
Nunca se deve trabalhar no sistema estando logado direto como root, isso é altamente arriscado, pois qualquer barbeiragem, babau!
Agora, quando voce esta logado com SEU usuário, voce terá essa "barreira" ao modificar o sistema, isso é só segurança amigo. Não é igual ao Windows, que qualquer um pode chegar e fazer o que quer não!
Recomendações: Entre na seção de tutoriais, siga os passos de instalação, e voce terá um sistema redondinho funfando ai no seu micro, sem crise. Falou!