para extrair o arquivo .conkyrc para sua home use esse comando:
zcat /usr/share/doc/conky/examples/conkyrc.sample.gz > ~/.conkyrc
e para deixa-lo na inicialização do sistema, crie um arquivo na sua home com o nome de: .conky_start.sh
e insira esse comando nele:
!/bin/bash
sleep 15 && conky;
onde 15 é o tempo em que ele vai ser caregado, sugiro deixar esse valor mesmo.
e por final vai em Sistema > Preferencias > Sessões. clique em adicionar, em nome ponha conky e em
comando ponha /home/SEU_USUARIO/.conky_start.sh.
pronto, espero ter ajudado e qualquer dúvida é só postar.