No Linux, como vc. mesmo adiantou, não há antivirus que permaneça "residente" na memória, scaneando os arquivos antes de serem carregados pelo Sistema.
Os antivirus para Linux servem para escanear arquivos, mas é preciso que vc. os abra e inicie o scan manualmente.
Sendo assim, não vejo problema em instalar mais de um, desde que não sejam usados para scans simultâneos.
Em tempo, tanto o AVG quanto o AVAST, os melhores em versões livres para Windows, têm versões para Linux que são fáceis de serem instaladas (pacotes .deb) e mantidas e servem especialmente para scanear partições Windows.