Lá no link que eu citei ensina como fazer para montar, na sua instalação nova do Ubuntu, um "ambiente chroot".
Isso, ao que eu saiba, faz com que vc. tenha um shell de root dentro da instalação nova, embora tenha dado boot pelo live CD.
Leia a parte "preparando para o 1º boot".
Ah, chequei e o Lilo está nos repositórios do Gutsy.