eu uso também! pode-se também colocar direto na linha de comando do programa! por exemplo:
$alltray -s -st -g 000x000 nome_do_programa
-s > show, abrir na area de trabalho, se não tiver essa opção, ele abre minimizado
-st > sticky state, mostra em todas as áreas de trabalho
-g > geometry, define uma posição fixa para abrir na área de trabalho, para conseguir esse valor, abra o programa que vc gostaria, abra o terminal, e digite "xwininfo" então, aparecerá um x, clique no programa (fiz isso com o gkrellm), vai aparecer vários valores, utilize os dois últimos, depois da string "Corners", vai ser um valor 000x000, e coloque depois da opção -g!
Mais opções...
$man alltray
[]'s